电子显微镜洁净实验室简称电镜实验室，主要是一些高水平科研成果、电子显微学新方法和新技术的研究中心。鉴于电镜实验室对生物医学、材料工程等行业的重要性，其结构与一般的生物实验室、工业实验室区别较大，国内并不常见。下面昊锐净化就以北京电子显微镜中心为例，详细详解实验室各个功能分区与布局设计。
电镜实验室规划布局（功能完善）：
(1)电镜室
作为电镜实验室的核心部分，电镜室的使用面积由购买的电镜型号、附件、室内陈设和经常活动的人数决定。多为30层，层高3.0-3.5m。电子显微镜的稳压电源和冷却水箱都存在干扰磁场、噪声和散热等缺点。它们不应放置在电镜室中。好将它们安置在隔音和散热较好的另一个小房间内，或走廊内。
电镜室要求半暗的工作环境，好不要留窗。室内可安装1~2盏红色壁灯（不要直接对着观察窗）。可设置日光灯或白炽灯吊灯进行检修和正常照明。
（二）样板间
制样室是电镜工作的生命线，使用面积约35米，层高3.0米。房间里应该有一个大的双人试验台，还有水龙头、水盆和地漏。还必须安装毒气柜，外壁要有排气孔和轴流风机（必要时可加快排出污染空气）。还应安装冰箱、烘箱、药柜、超声波清洗机、超净工作台等。制样间宜大，便于自然采光，天花板上应安装足够的荧光灯，便于夜间工作。
(3)离心室
对于生物样品的纯化，应配备一台低速离心机、一台高速离心机和一台超速离心机，用于电镜工作。室内还应有单面试验台、冰箱、水龙头盆等。使用面积约20米，层高2.5米。只有地面需要额外的水平和坚固。有的离心机排气量大时，应设排气管引向室外。所有水冷离心机都应配备双回路给排水系统。
(4) 切片室
超薄切片技术含量高，环境条件的微小变化通常会影响切片机的性能。通常只需要一个人操作，场地要小而紧凑，高度好在12米左右，层高不超过2.5米。房间的一侧可以放置一台配备超稳工作台的超薄切片机，另一侧的水泥防振台上可以放置锥形修边机和切刀机。
(5) 涂装间
真空镀膜机和离子束仪是电镜工作必不可少的。使用面积15米，层高2.5米。室内应设置单面试验台，并设置12个双出水龙头面盆和地漏，供镀膜机、蚀刻仪器等冷却用的给排水。鉴于大多数涂布机没有断水保护装置，好设置断水停机自动保护。
(6) 暗房
暗室的面积应在15mm左右。应设斗门或旋转门遮阳，并应有单独的通风孔，但需遮阳。室内安装适合立式工作的单面试验台。长凳的一侧有2至3个水池，天花板上装有红、绿、白三色灯。门外可设红色指示灯，可与放大机上光机、电炉连接。启用时红灯亮，断电时红灯灭，确保安全。墙壁涂有深绿色哑光漆。
另外，电镜实验室的防磁是装修施工中很重要的一项内容。在规划设计中，我们总结了以下三点关于防磁的内容。请注意：1、电镜室应远离无线电台、大型电器设备、大型变压器和高压输电电缆等强磁干扰，以及核磁共振、质谱、高压等强磁仪器。能量粒子加速器。
2、电镜室电源、照明线应避免形成闭环，避免走长弯路或单线走线，并使去、回线导线靠近。导杆严禁通过电镜室地下或顶部。
3、在屏蔽措施上，目前有的单位在实验室中采用铁网或薄铁皮作为屏蔽材料。理论上，选择磁导率高、磁滞特性不明显、矫顽力和剩磁小的软磁材料作为屏蔽效果较好。建议使用薄铁皮和细铁丝网作为室内墙壁和屋顶的屏蔽。需要说明的是：屏蔽是不得已而为之，如果外界干扰磁场没有超过允许值，屏蔽是没有必要的。
目前，电子显微镜技术的飞速发展已经惠及许多行业，改变了很多领域的研究方法，使很多研究迅速取得重大突破。
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